En Kriya Yoga, Patanjali hace considerables esfuerzos para explicar las aflicciones mentales, y Kriya Yoga se desarrolla para reducirlas.

Se ha mencionado que Purusha o la conciencia habitada es un principio puro e inmutable y es el ser verdadero. Pero el conocimiento mas fundamental de Chitta es la identificación del Yo-existo. La mayoría de la gente , de hecho muchas religiones y muchas otras filosofías que proclaman pertenecer a los vedas, se refieren al sentimiento de Yo existo como el ser verdadero. La mayor diferencia de esta creencia comúnmente sostenida, cuyo resultado es el entendimiento de que hay conciencia diferente del sentimiento del Yo, es el gran regalo del Samkhya, Yoga y Vedanta.

Esta confusión en la no diferenciación es técnicamente conocida como Avidaya en Yoga. Es la aflicción mental mas fundamental. Asmita o el sentimiento de Yo existo que volviéndose tan fuerte , niega la diferencia entre yo existo y el verdadero ser, es un pensamiento que cuando se vuelve tan fuerte, divide todos los objetos en beneficiosos o dañinos, creando sentimientos de agrado o desagrado todavía mas fuertes (Raaga y Davaha). Esto conduce al quinto estado de ánimo aflictivo que es la ansiedad de perder lo que nos gusta y ser dañados por lo que nos disgusta. El alcance de esta ansiedad es el miedo de perder la propia identidad (Abhinivesa), el cuerpo o el miedo a la muerte. Esto persiste tanto en un filósofo como en un ignorante, ya que estas aflicciones están profundamente enraizadas y son el resultado de mantener esta confusión desde tiempo inmemorial, manteniéndolo nacimiento tras nacimiento.

Estas aflicciones son debilitadas por Kriya Yoga y consecuentemente destruidas cuando las tres características de Chitta adquieren equilibrio gracias a Nirbija Samadhi. Sin la práctica deliberada de Yoga, estas aflicciones mentales continúan atormentando al individuo a través de repetidos nacimientos, actividades y resultados consecuentes, que para un yogui que discierne, son solo dolorosas. Mientras los Kleshas (impurezas) no se destruyan, el círculo vicioso de nacimiento, actividad ( nacida de memorias y actividades previas) y experiencias dolorosas, continuará sin fin, sin ninguna fuerza que intervenga o la rompa y el día de la liberación no estará en el horizonte.